Я нашёл бесплатную программу: https://www.pdflabs.com/blog/how-to-collate-even-odd-scanned-pages/ . Устанавливаешь её, а потом открываешь Windows Command Prompt и пишешь:
pdftk A=scan_odd.pdf B=scan_even_backward.pdf shuffle A Bend-1 output scan.pdf
Работает отлично! Результирующий документ scan.pdf будет точной копией исходного.