Так имя Христа стали писать по-гречески -- "Ιησούς". Вторая буква имени -- η (эта) -- в древнегреческом произносилась как русское "е" (а еще раньше -- как придыхание), поэтому оригинальное греческое произношение -- "Иесус"; это было наилучшим возможным греческим приближением к оригиналу.
В просторечном же греческом языке (δημοτική) буква η стала произноситься как русская "и". (Интересно, что в английском названии столицы Греции Αθήνα ("Аθина") сохранилась древняя форма произношения буквы η: Athens ("Аθенз").) Так, следуя греческому просторечию, и возникла русская форма имени "Иисус".
